Jaguar, podobnie jak wszystkie duże koty ma wspaniały wygląd. Przede wszystkim futro jest obiektem pożądania, futro przez które zabijano go tysiącami. Ma barwę jasnożółtą lub rudobrązową, będąc na spodzie ciała najczęściej jasnożółty lub jasnopłowy. Na całej powierzchni ciała pokryty jest cętkami, które wyglądają jak kółka otaczające jedną lub dwie plamki.
Największe cętki występują na ogonie, szyja, nogi i głowa mniejszymi.
Od czasu do czasu zdarza się iż występują osobniki posiadające bardzo duże ilości ciemnego barwnika we włosach, i w tych wypadkach futro jaguara jest całkowicie czarne, chociaż gdy stoi przy dobrym świetle da się zauważyć jeszcze ciemniejsze cętki układające się w kółka. Jaguar, który uważany jest za odpowiednika lamparta, jest od niego trochę większy lecz posiada krótszy ogon. Jest tak ponieważ większość czasu jaguary spędzają na ziemi i nie muszą posługiwać się ogonem w celu utrzymania równowagi. Pomimo to, jaguary podobnie jak lamparty dobrze czują się na drzewach.